法不阿，但是作为一个在圣经贤传培养下成长的文官，他又始终重视伦理道德的指导作用。他在著作中表示，人类的日常行为乃至一举一动，都可以根据直觉归纳于善、恶两个道德范畴之内。他说，他充当地方的行政官而兼司法官，所有诉讼，十之六七，其是非可以立即判定。只有少数的案件，是非尚有待斟酌，这斟酌的标准是：“凡讼之可疑者，与其屈兄，宁屈其弟；与其屈叔伯，宁屈其侄。与其屈贫民，宁屈富民；与其屈愚直，宁屈刁顽。事在争产业；与其屈小民，宁屈乡宦，以救弊也。事在争言貌，与其屈乡宦，宁屈小民，以存体也。”用这样的精神来执行法律，确实与“四书”的训示相符合。可是他出任文官并在公庭判案，上距“四书”的写作已经两千年，距本朝的开国也已近两百年。与海瑞同时的人所不能看清楚的是，这一段有关司法的建议恰恰暴露了我们这个帝国在制度上长期存在的困难：以熟读诗书的文人治理农民，他们不可能改进这个司法制度，更谈不上保障人权。法律的解释和执行离不开传统的伦理，组织上也没有对付复杂的因素和多元关系的能力。
如他在嘉靖四十五年，在棺材铺里买好了棺材，并且将自己的家人托付给了一个朋友。然后向明世宗呈上《治安疏》。奏疏中指出，他是一个虚荣、残忍、自私、多疑和愚蠢的君主，举凡官吏贪污、役重税多、宫廷的无限浪费和各地的盗匪滋炽，皇帝本人都应该直接负责。皇帝陛下天天和方士混在一起，但上天毕竟不会说话，长生也不可求致，这些迷信统统不过是“系风捕影”。然而奏疏中最具有刺激性的一句话，还是“盖天下之人不直陛下久矣”，就是说普天下的官员百姓，很久以来就认为你是不正确的了。
这一奏疏的措辞虽然极端尖辣，但又谨守着人臣的本分。海瑞所要求于皇帝的不过是改变自己的作为，而这改变又非常容易，只需要“翻然悔悟”，由乱致治，也不过“一振作间而已”。言下之意是，如果皇帝能够真正振作，选择合宜的道路，赴之以决心，他还是有机会成为尧舜之君的。
这样的奏疏确乎是史无前例的。往常臣下向皇帝作诤谏，只是批评一种或几种政策或措施，这种指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等于说他这几十
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