儿手中抢过皇位，皇位算是来路不正，在那个道统为尊的时代，这是致命的，所以在登基之初，许多官员采取了不合作的态度，甚至潜往各地进行各种方式的对抗，建文帝也下落不明。这些隐患让朱棣寝食难安，为此他不惜一次又一次竖起了手中的屠刀，先后制造了灭十族、瓜州蔓、前后杀掉旧臣及其亲朋、宫女不下六千人，可屠刀竖得再多，不满的人也越来越多，加上朱棣杀的各地有功将领不少，使得朝廷出现无将领可用的局面，北方的蒙古残余势力的迅速复苏，整个北部边防显得过於空虚。淇国公丘福奉命征讨蒙古，结果全军覆没，随成祖起兵的重要将领几乎阵亡过半，再这样的局面下，朱棣便设置了镇守中官制，这个目的是派遣军事将领往各地镇守，以求稳定内地，防御外患。
期初，派遣的多是建文帝的旧臣，许多还是文人，建文四年九、十月间，最先派出的几位镇守总兵为例，何福曾与盛庸、平安会兵伐燕，战於淮北；顾成从耿炳文御燕师，战於真定；韩观也奉命练兵德州，抗御燕师；虽然归降后受到优礼，分别镇守宁夏、贵州、广西，但毕竟往事耿耿，朱棣对他们也不可能完全放心。但这种不放心并非一般的君主对将领的猜忌，而是在特定条件下的自然心态。中官随何福等出镇，说是因为“争功不已”，实是掩人耳目，他们负有监视总兵的特殊使命。即使象宋琥，既是靖难勋臣，又是成祖女婿，也仍遣中官察其行为，中官说到底就是一种变相的监视，但文官武将多有自己的准则，而且许多都是建文帝旧臣，并没有达到朱棣的目的，且用起来并不顺手，所以在朱棣后期，中官制从文臣渐渐演变为了太监。
期初，碍于朱元璋定下的太监不可干政的铁律，朱棣并不敢明目张胆的，派遣的太监也多是临时性差遣，且往往负有特殊使命，事毕即还。如永乐三年六月命郑和役卒二万七千余人出海、遣山寿等领骑出云州；又如永乐六年正月遣王安往别失八里探寻本雅失里的去向，永乐八年十二月命马靖巡视甘肃等即是。随着一些“出镇”中官如王彦、王安等的久驻一地，但凡事开了头，在想制止就不容易了，况且这些太监比起文官武将没底线，往往为了取悦皇帝，探查的消息作用更大，渐渐让皇帝对他们越发信任
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