因为传统上性戒律与宗教戒律的理论与实践缠绕得如此紧密，所以17世纪晚期宗教自由的进展引发出一些明显关于道德自由的问题。对很多观察者而言，这是他们根本不想看到的发展趋向。的确，倡导宽容之人的传统观念认为，宗教自由与其他类型的自由截然不同，它并不意味着思想或行动的一般自由。更少的人会认为，这一观念可以被用来为通奸、偷情或其他任何种类的放荡之举提供辩护。正如长老会教徒约翰·肖尔所指出的，即便那些最坚定地支持最大限度宽容之人，能够包容对于信仰与崇拜事宜的各种态度，他们也仍然同意，这些不道德行为应当受到世俗管理者的审理。因为这类行为对于公共社会具有重大的影响力，对其福祉为害甚剧。所以，当一个人因为这种违反上帝与国家之法律的滔天罪行而受到惩罚时，他不能抱怨自己遭到了观念上的迫害。
约翰·洛克对于精神自由与道德自由的这一差异作出的阐述影响最为深远。他宣称，存在着两种理据，都可以提供合理的说法，来支持对于不同宗教观念的宽容。第一种是，人们内心深处的信仰根本不能被强行改变。
没收财产、监禁和酷刑，这类手段都无法改变人们内心对于事物的既有判断……只有启发与明证才能够改变人们的观念，而肉体折磨与任何其他外在刑罚都无法使人得到启发。
因此，惩罚是徒劳无功的。
第二种事实是，个人或教会的精神信仰与实践乃属于私人事务。它们不论正确或谬误，都不会威胁到他人的幸福，或社会的整体福祉。因而，它们并不属于世俗政府管辖的事务。对此，洛克反驳说，信仰与实践并不能被一味放任，因为它们不仅仅是私事，而是与公共利益密切攸关。再一次，他表达出对于毫无限制的“通奸、偷情、不洁、淫荡”之举的忧虑，这些行为即使在宗教自由的旗帜下也不能被宽容。洛克反问道，倘若一群人觉得他们在灵魂上感到了鼓舞，
在性乱之中玷污自我，或做出其他任何此类肮脏恶行，那么治安法官会因为这些人投身的是一种宗教性集会而不得不宽容他们吗？我的回答是，否。这些行为在日常生活之中与户牖之内皆为法律所不容，
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