上，空位期发生的事件似乎证实了传统的观念，即哪怕是有限的自由都会带来危险。宗教自由会促进和平与统一的观念遭到了两方面之反驳，一方面是政治之动荡，一方面则是宗教团体间的相互迫害。在敌对的观察者眼中，宗教自由对于社会之后果看上去同样有害。弥尔顿自己关于离婚的著作被视为灵魂沉迷导致道德放任的一个例子，浮嚣派、教友派及其他激进团体则更糟，一直有传闻说他们应该存在乱交行为。平等派与掘地派同样发现，他们对于宗教与政治自由的支持沾染上了性自由的污点。1649年3月，丹尼尔·阿克斯特尔中校在平等派领导人理查德·欧弗顿的住处将其逮捕后，被要求一再毁谤此人实行“公妻制”，并且“在法庭与街道上，在士兵与邻人中宣布其居所是淫窝，所有在里面住过的女人都是妓女，而且他还曾经把我领到一位有夫之妇的床上”。这些恐惧与中伤大多是没有根据的，然而它们会流传开来。1660年以后，类似这种把淫乱、暴政与宗教自由（此时尤指天主教会）相联系的看法仍然大行其道。
因此，根据这些最近的经验，洛克对于宗教与道德事务的区分就显得不无争议。不过事实上，他自己对于个人自由界限的观念同样不大确定。一方面，他有力地论证每个人都拥有处理其财产、其自身及其灵魂的自由。法律与惩罚不应触及“灵魂的关切”，它们只应当在其分内保护个人的健康与财产，以使其免受自身的“疏忽或不良管理”之害。正如“没有人会纠正一个在酒馆挥霍家产的败家子”，所以“没有人能够被强迫发财致富或身体健康”，那么同样，“每一个人的拯救仅仅属于他自身的关切”——这些都是私人事务。而另一方面，洛克同样坚持传统观念，即应当也必须通过惩罚人们的罪恶来管理个人行为。这是为了他们自身的好处，因为这既会使他们也会使社会更为接近上帝。当面对“酗酒、淫乱以及诸如此类的堕落之举”时，治安法官因此
可以而且应当运用权力干预，并正颜厉色……纠正人们的邪行，使其举止归于正当，且振起节制、和平、勤劳与诚实之风。这是他们在所有地方都应当履行的职责，也因此，他们怀有上帝的使命，不论是缘于自然还是启
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