这些在本土与殖民地锲而不舍的奋斗，意在建立一个美好的新世界，献身于上帝，清除掉罪恶，此种宗教期望乃是17世纪40与50年代在全国范围内突然兴起的。在英国社会内部，新教徒一直只是少数，虽然这与他们的影响力很不相称。17世纪40年代的英国内战在1649年达到高潮，查理一世被处死，共和国建立，而这就赋予了新教徒至高的权力。
保皇派与议会派之间的持续斗争根本上是（虽不全是）一场宗教战争。它之所以爆发，乃因为双方对于“上帝在地上的旨意”都狂热地怀有某种特殊的看法，并相信对方都在毁灭这一旨意。新教徒恐慌于国王在国内外的宗教政策，他威胁中止宗教改革，重新引入天主教会，而这对于英国人的自由以及他们的永恒救赎构成了根本威胁。国王及其支持者反过来也恐惧并迫害新教徒，因为他们相信新教徒都是极端危险的颠覆分子，其宗旨与行为削弱了教会的稳定与君主的权威。
国王毫不妥协的政策最终适得其反。1640年查理被他的苏格兰臣民所羞辱，他们举国反抗，因为查理试图强制改变他们自己教会的教义与信仰。苏格兰军队侵入并占领了英格兰北部。数月之内，爱尔兰同样惨遭血洗，这次是天主教徒的一次暴动，他们屠杀了数以千计的新教徒，而这似乎确证了新教徒对于国王之宗教动机的最坏担忧。尽管在英格兰的战争爆发之前，查理就被迫作出了重大让步，但他于1648年的最终失败，在他最狂热的对手看来，最明确地预示了上帝对他们这一方的支持，并且指定他们将腐朽的旧势力铲除干净，在地上建立起他的王国。
教会法庭是这场斗争最早的牺牲品之一。“长期国会”（Long Parliament）刚召开数周，1640年12月“连根拔除”的诉求就已呈上。这份诉求阐述了新教对于改革的要求，其中抱怨“卖淫与通奸行为愈演愈烈”，而这是腐朽的教会司法制度直接造成的。在1641年7月，高级调查团的法庭被废止，而其所有教会惩罚权力也一并废除。为了代替旧的制度，下议院下令草拟一部新的法规来惩处性犯罪。与战时许多其他的立法过程一样，这部法规的通过也旷日持久
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